檢視歷年健保財務發展，上一次收支出現短絀發生於二○○九年，當時缺口為三一六‧九八億元，隔年則由負轉正，結餘一八五‧一四億元。二○一三年起，更因課徵補充保費挹注逾四百億元，結餘衝破五百億元，二○一五年甚至站上一千億元大關，收支狀況空前穩定。

不過，在去年總統大選前夕，馬政府健保利多政策齊發，包含健保一般保險費率從現行四‧九一％降為四‧六九％，補充保費費率也從二％降為一‧九一％，且執行業務收入、利息所得、租金收入、股利所得等四項補充保險費扣繳門檻由五千元提高至兩萬元，投保單位平均眷口數也由○‧六二人調降至○‧六一人等，造成結餘從前一年的一○二八‧九五億元驟降至一八五‧五七億元，只剩下原本的一成八，今年更將由正轉負。