※ 本文為 MindOcean 轉寄自 ptt.cc 更新時間: 2020-12-29 08:54:38
看板 Gossiping
作者 標題 Re: [問卦] 新冠疫苗防的住新冠肺炎 英國變種病毒嗎
時間 Mon Dec 28 07:23:03 2020
剛好一直有在追蹤疫苗相關資訊所以回答你一點
武漢肺炎+英國DLC版的學名目前訂為
SARS-CoV-2 virus B117 strain
這裡可以看英國公布的病毒基因資訊
https://www.gisaid.org/references/gisaid-in-the-news/uk-reports-new-variant-te
rm
縮網址:
http://bit.ly/3nTxHDe
在討論更深度的資訊前要先釐清一些資訊
這個變種在9月就偵測到了, 至11/30為止的採樣顯示出早就突變無數次
被稱為英國DLC的原因只是因為這些突變種有共通變異點
https://i.imgur.com/sX73kas.png
![[圖]](https://i4.disp.cc/imgur/sX73kash.png)
如何看這個圖:
B117系列早就有無數的分支, 這些還是簡化過的
簡化的方式為以核苷酸變種用圈圈來表示
圈圈越大代表連帶性的突變量越多
一個圈圈的突變點也會有所不同, 只是因為有共同核心變種所以才歸類為一個支線
而資料來源有部分還是來自其他國家的樣本 (橘黃色圈圈)
所以這病毒早就已經離開英國了
現在才想封英國根本是表面功夫而已
在這版本出現前, 武漢肺炎平均一個月會有2~3個核心變異點出現
而這版是因為累積出23個主要突變點所以才被整合成英國收藏版
這裡列出他最主要的指標變異點(上面的圖有標示出來)
而這版是因為累積出23個主要突變點所以才被整合成英國收藏版
這裡列出他最主要的指標變異點(上面的圖有標示出來)
gene nucleotide amino acid
ORF1ab C3267T T1001I
C5388A A1708D
T6954C I2230T
11288-11296 deletion SGF 3675-3677 deletion
spike 21765-21770 deletion HV 69-70 deletion
21991-21993 deletion Y144 deletion
A23063T N501Y
C23271A A570D
C23604A P681H
C23709T T716I
T24506G S982A
G24914C D1118H
Orf8 C27972T Q27stop
G28048T R52I
A28111G Y73C
N 28280 GAT->CTA D3L
C28977T S235F
其他蛋白基因:
Orf8基因 (open reading frame 8)
這個在各個變異種之間其實是很不穩定的部分
今年中早就在世界各國檢測到, 其中最知名的是新加坡第二波疫情
當時還搭配Orf7b變異, 不過該病毒株隨著新加坡的管控下也消失了
其不穩定性要拿這來針對有點不太適合
當時還搭配Orf7b變異, 不過該病毒株隨著新加坡的管控下也消失了
其不穩定性要拿這來針對有點不太適合
這次的變異還有附加提前中斷基碼, 有可能讓這蛋白完全失去效用
相關文獻: http://bit.ly/34Nmnkw
N基因 (Nucleocapsid)
這個是棉花棒戳你鼻孔/喉嚨深處採集來偵測是否有被感染的蛋白基因串
此基因是用來管理已被感染細胞中的病毒生產過程
相關文獻: http://bit.ly/3hqqyHZ
![[圖]](https://jvi.asm.org/content/jvi/94/4/e01925-19/embed/icon-1.jpg){kind=icon}
ORFlab (orf1a polyprotein)
這個你可以把它看成武漢肺炎的血統證明
由於這個基因的獨特性
在你的戳鼻孔/深喉嚨樣本中同樣會被拿來偵測是否被感染
相關資訊: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/43740578
Spike 棘蛋白突變
這個刺蛋白的突變比偏重
多數是已出現過但是效果未知的趨同演化
如:
目前偵測到的南非DLC 501.V2 也有類似的N501Y變化
HV 69-70 deletion跟之前新聞有播的丹麥水鼬疫情一樣有出現過
同樣的這兩個也是這次聳動新聞標題的主因
傳染力是否有增加?
在有更多實驗資料前都是未知數
單純因為英國偵測方式一直都依賴N, Orf1ab 和 S蛋白
而因蛋白突變造成其中一個失效, 也因此多出了偽陰性
而因蛋白突變造成其中一個失效, 也因此多出了偽陰性
加上N501Y會影響到RBD (受體結合區域) - 跟細胞結合的部分
之前武漢肺炎綜合抗體 LY-CoV555/LYCoV016 的研究指出要是RBD有變化就可能會影響效
果
雖然這研究並不包含N501Y區塊
左++右++就莫名的出現了70%傳染力這個說詞
說實話沒人知道這數字怎麼求來的
個人猜測英國主流病毒株為這串只是因為偵錯率過高的關係吧
RT-PCR本來就會隨著感染天數和是否有症狀而有上下起伏的偽陰性
從第一天的100%到第九天的13%都有
要是其中一個指標出錯的話很容易就被誤判為陰性
資訊來源: https://bit.ly/3nU8GYB
如果你看這資料, 你可以看到7月左右就有類似的突變, 9月開始冒出一點, 11月才暴增
目前各疫苗商都說他們不認為會影響到疫苗效果
尤其Modern / Pfizer 由於它們是讓身體產生特定S蛋白碎片來形成抗體
要是他們沒用到變更的部位應該就不會被影響
Oxford/AstraZeneca (阿斯利康)的疫苗用的是猴子身上取來的病毒經由基因改造而製成
的
跟另外兩家的比起來應該比較可能被影響到
效果算是未知 (不過官方都說沒影響了就觀望看看)
這幾天各家疫苗商也都在測試英國DLC, 等假期過後看公開資料就明瞭了
※ 引述《hayate232 (CY)》之銘言：
: ※ 引述《leo0873 ( )》之銘言：
: : 最近 很多新聞都在報道 新冠肺炎 英國變種病毒的新聞
: : 而前一段時間 也有許多關於新冠肺炎疫苗的報道
: : 但是開始有人想問
: : 到底新開發出來的新冠肺炎疫苗
: : 防的住 來自英國的 新冠肺炎 英國變種病毒嗎？
: : 有沒有八卦阿？
: 不就跟流感疫苗一樣，猜病毒株阿..
: 但這個RNA病毒很強，傳染力點到最高，致命性最低，讓他有足夠的時間感染 變異
: 就流感的經驗來看，就算猜錯病毒株，也有一定的防護力。
: 只是這個傳染力太可怕..真的不知道要多久傳染力才能降到現在流感等級
: 解藥這東西就別想了QQ
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 24.23.200.92 (美國)
※ 文章代碼(AID): #1VwHTUW9 (Gossiping)
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1609111390.A.809.html
推 : 太長了先推吧1F 12/28 07:25
推 : sinovac的呢？2F 12/28 07:27
中國的疫苗最缺的就是實驗資料所以無法考究
至於他們的原理是用被殺死的病毒，跟AstraZeneca的一樣也比較容易被影響
除非能證明無法
畢竟變異點太多就可能影響效果
跟moderna那種指標疫苗不同
推 : 乾 我對RNA病毒認知只有國中程度拉 但還是給推3F 12/28 07:29
※ 編輯: aeolus811tw (24.23.200.92 美國), 12/28/2020 07:36:56→ : 英國廢物滾回台囉4F 12/28 07:36
推 : 嗯嗯 好文推，所以有人說不要說strain 要說B117 line5F 12/28 07:38
→ : age
推 : 我不覺得AZD1222比較會受影響，他們是用 adenovirus
→ : 當載體包S-protein DNA template
推 : 另外分享目前我看到最好的 thread
→ : https://bit.ly/34JK3pS
→ : age
推 : 我不覺得AZD1222比較會受影響，他們是用 adenovirus
→ : 當載體包S-protein DNA template
推 : 另外分享目前我看到最好的 thread
→ : https://bit.ly/34JK3pS
![[圖]](https://pbs.twimg.com/profile_images/1221021742715502593/JGaLLKFr_bigger.jpg)
@mugecevikThere are several reasons to think that the new UK #SARSCoV2 variant is an important one as it might be more contagious than other variants, but there are also some uncertainties. So much misinformation is being circulated, so this thread brings key data together.
推 : 我都唸IKEA 這種沒辦法回11F 12/28 07:50
推 : 推12F 12/28 07:54
推 : 推認真文，希望疫苗效果不被影響...13F 12/28 07:55
推 : 推14F 12/28 07:59
推 : 高二之後沒唸過生物的人看不懂啦 但是專業給推15F 12/28 08:14
推 : 我也這麼覺得16F 12/28 08:14
推 : 專業給推 但我看不懂17F 12/28 08:14
推 : 推18F 12/28 08:16
噓 : 結論勒19F 12/28 08:20
推 : 感謝 請問假期過後還會分享測試結果嗎20F 12/28 08:26
推 : 雖然看不懂 不過知道了還沒個結論這點21F 12/28 08:29
推 : 推22F 12/28 08:30
推 : 結論他有寫啊，專家評論目前的突變株應該不影響現在23F 12/28 08:36
→ : 結論有點怪, 你自己都寫了新變種有好幾個S protein mutat24F 12/28 08:36
→ : ions, 你怎麼會覺得針對spike設計的Pfizer和Moderna mRNA
→ : ions, 你怎麼會覺得針對spike設計的Pfizer和Moderna mRNA
→ : 這幾家疫苗，但科學不能沒數據就講結論，幾家疫苗廠26F 12/28 08:36
→ : 疫苗比較不會被影響XD27F 12/28 08:36
→ : 商正在測試或收集疫苗測試者的樣本測試是否能有效，28F 12/28 08:36
→ : 一兩週後應該會有初步結果出來。
→ : 一兩週後應該會有初步結果出來。
推 : 推30F 12/28 08:41
推 : 目前突變不夠多，一個 S-protein很大，疫苗所引起的31F 12/28 08:42
→ : 免疫系統會辨一堆S-protein的片段區域。簡單講就是一
→ : 個藝人去做小針美容你還是認得他的臉。
→ : 免疫系統會辨一堆S-protein的片段區域。簡單講就是一
→ : 個藝人去做小針美容你還是認得他的臉。
推 : 主要是RBD內的RBM啦，有疑慮是因為N501Y這個突變讓疫苗有34F 12/28 09:00
→ : 不確定性，因為這是一個重要結合點位，N501是確認會影響細
→ : 不確定性，因為這是一個重要結合點位，N501是確認會影響細
推 :36F 12/28 09:01
→ : 胞中和，但N510Y沒有文獻證實。另外那個不叫做學名，只能37F 12/28 09:01
→ : 說是這一個lineage 或strain的代號
謝謝指正, 我還真的不太清楚中文要怎樣翻譯這種說法→ : 說是這一個lineage 或strain的代號
N501Y目前只有九月上海的老鼠研究資料顯示可能會增加傳染率
https://science.sciencemag.org/content/369/6511/1603
因為它改變了RBD結合ACE2蛋白的部分
![[圖]](https://i4.disp.cc/t/0/science.sciencemag.org_content_369_6511_1603_F1.large.jpg)
跟細胞中和無關(還是我會錯細胞中和這單詞的意思?)
至於是數據上的歧見或是真的有差別, 目前沒有任何研究能直接證明影響力
所以只能說
N501Y改變了細胞接合的部位, 可是有對人體甚麼影響, 為何會有影響都是未知數
推 : 另外一個月有2～3個核心突變？這個資料來源在哪？這個數字39F 12/28 09:06
演化有專門研究的稱法:
evolutionary rate / viral phylodynamic
一般會採用數據分析的突變率跟基組量來推
武漢肺炎的目前相關研究資料有:
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168170220307152
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.04.077735v1.full
Temporal signal and the phylodynamic threshold of SARS-CoV-2 | bioRxiv
![[圖]]()
bioRxiv - the preprint server for biology, operated by Cold Spring Harbor Laboratory, a research and educational institution ...
![[圖]](https://www.biorxiv.org/sites/default/files/images/biorxiv_logo_homepage7-5-small.png){kind=logo}
https://virological.org/t/phylodynamic-analysis-176-genomes-6-mar-2020/356
Phylodynamic Analysis | 176 genomes | 6 Mar 2020 - nCoV-2019 Genomic Epidemiology - Virological
![[圖]]()
Phylogenetic analysis of nCoV-2019 genomes 6-Mar-2020 Andrew Rambaut, University of Edinburgh, Edinburgh UK a.rambaut@ed.ac.uk This is a brief report ...
![[圖]](https://virological.org/uploads/default/original/1X/7897c4e655617c4b6fe71a98eaa97a38778f0623.png)
這個速度會用sub/site/yrs為單位來呈現
只要乘上相對的數字就能求出以概率來說的突變率(量?)
這個病毒有29727個核苷酸 (你可以把這個數字帶入site的部分)
依照不同時間的數值就能取得大約1~3個突變量 (四捨五入結果)
突變率跟已有分支數量沒有絕對的關係
要突變結果符合生存條件才能散播開來 (適者生存) 並產生相對的分支
→ : 不太對，現在全世界主要的其實也只有D614G這個分支，其他40F 12/28 09:06
→ : 分支也是了三個月出現一次，而且也消失了。如果要看long t
→ : erm 的話其實很低
→ : 分支也是了三個月出現一次，而且也消失了。如果要看long t
→ : erm 的話其實很低
推 : 推43F 12/28 09:18
推 : 武漢肺炎pro44F 12/28 09:39
推 : 專業45F 12/28 09:43
※ 編輯: aeolus811tw (24.23.200.92 美國), 12/28/2020 10:27:37推 : 推46F 12/28 10:05
推 : 推47F 12/28 10:09
推 : 專業推 感謝說明48F 12/28 10:36
推 : 八卦優文49F 12/28 10:49
推 : 推50F 12/28 10:56
推 : 長知識推51F 12/28 11:21
推 : 專業52F 12/28 11:47
推 : 喔 那個所以疫苗有用對吧..... XD53F 12/28 11:53
推 : 不對啦 你用的是核心突變這個詞，雖然沒有人這樣用但你的54F 12/28 12:36
→ : 意思我猜應該是指突變後變成主流的突變，那這樣你就不能直
→ : 接用mutation rate去算，那個意義根本不一樣。
→ : 意思我猜應該是指突變後變成主流的突變，那這樣你就不能直
→ : 接用mutation rate去算，那個意義根本不一樣。
推 : 推57F 12/28 13:09
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